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Base de datos de colores asignados a especies

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Me preguntaba sobre la física del color, y ahora estoy interesado en averiguar si hay algún recurso (bases de datos, archivos de texto, tablas html o listados en pdf) de especies y sus colores asociados o (idealmente) espectro de longitud de onda de color.

Por ejemplo, un rosal puede tener un espectro de color rosa (flor) y un espectro de color verde (hoja) y marrón (tallo). Un gusano puede tener un espectro de color marrón y rosa. Un león puede tener un espectro de color amarillo, marrón y dorado. Preguntándose (a) si esta información se captura de alguna forma en la web (como 1 artículo de revista por especie), y (b) si se agrega a una base de datos, archivo de texto, tabla u otro tipo de lista que incluye muchas especies (animales, plantas, hongos, rocas, etc.), por lo que diría la longitud de onda de la luz visible que emite, o algunos rangos de ella, o incluso un rango de color hexadecimal.


Base de datos de colores asignados a especies - Biología

Especies de mamíferos del mundo, tercera edición (MSW3) es una base de datos de taxonomía de mamíferos. Se espera que esta base de datos en la World Wide Web pueda utilizarse como una referencia conveniente en línea para identificar o verificar nombres científicos reconocidos y para la investigación taxonómica. Los nombres están organizados en una jerarquía que incluye Orden, Suborden, Familia, Subfamilia, Género, Especie y Subespecie. Los registros incluyen los siguientes campos:

  • Nombre científico
  • Nombre y año del autor descritos
  • Cita de la publicación original
  • Nombre común
  • Tipo de especie
  • Tipo de localidad
  • Distribución
  • Comentarios
  • Estado
  • Sinónimos

La cita de este trabajo es: Hecho. Wilson y DeeAnn M. Reeder (editores). 2005. Mammal Species of the World. Una referencia taxonómica y geográfica (3.a ed.), Johns Hopkins University Press, 2142 págs. (Disponible en Johns Hopkins University Press, 1-800-537-5487 o (410) 516-6900, o en http://www.press.jhu.edu).

Esta tercera edición se ve reforzada por la identificación de subespecies y por la inclusión de información de autoridad para todos los sinónimos. Se puede encontrar más información sobre el libro y sobre el contenido de cada campo en el prefacio y el material introductorio.

Esta lista en línea fue compilada bajo los auspicios de la Sociedad Estadounidense de Mammalogistas. Copyright 2005 Prensa de la Universidad Johns Hopkins. Todos los derechos estan reservados. Los datos de esta lista de verificación de las especies de mamíferos del mundo se presentan únicamente para uso no comercial, personal y de gestión de colecciones. No se permite copiar o redistribuir estos datos de ninguna manera para beneficio personal o corporativo. Aquí se puede encontrar una lista de los autores responsables de varias partes del texto.

Para un análisis de las nuevas especies encontradas en la tercera edición, ver: D. M. Reeder, K. M. Helgen y D. E. Wilson. 2007. Tendencias globales y sesgos en los descubrimientos de nuevas especies de mamíferos. Documentos ocasionales, Museo de la Universidad Tecnológica de Texas, 269: 1-36. pdf [haga clic aquí].

Este proyecto se realiza en colaboración con la División de Mamíferos del Departamento de Zoología de Vertebrados del Museo Nacional de Historia Natural, la Institución Smithsonian y la Sociedad Estadounidense de Mamíferos.

Los nombres científicos de la base de datos MSW3 están disponibles como un diccionario personalizado que se puede utilizar con varias aplicaciones de Microsoft Office. Para descargar el diccionario, haga clic con el botón derecho en este enlace y seleccione 'Guardar destino como'. '(o el equivalente, según el navegador que esté utilizando). [Las instrucciones de instalación de los diccionarios personalizados varían según la versión de Microsoft Office que esté utilizando. Para empezar, pruebe aquí.] Gracias a Doug Kelt, UC Davis, por crear y compartir este diccionario.


Galeocerdo cuvier

Tiburón tigre en las Bahamas. Foto © David Snyder

Los tiburones tigre reciben su nombre por su patrón de color distintivo. El cuerpo es gris con barras verticales de color gris oscuro o manchas en los flancos con una parte inferior pálida o blanca. Las marcas son especialmente distintivas en los juveniles, pero disminuyen con la edad. Los tiburones tigre se encuentran entre los tiburones más grandes y se registran hasta 550 cm (18 pies) de largo. Se sabe que comen la mayoría de los animales marinos, aves marinas, algún animal terrestre ocasional e incluso la basura que se encuentra flotando en el mar. A pesar de ser un gran tiburón de movimiento lento, es un depredador de emboscada muy eficaz que despliega breves ráfagas de velocidad para asegurar su presa (Simpfendorfer 2009).

Dato curioso: los tiburones tigre, los tiburones toro y los tiburones blancos se conocen comúnmente como "Los tres grandes" por su participación en los ataques de tiburones. Estas especies son fácilmente identificadas por las víctimas y los testigos. En los casos de tiburones réquiem más pequeños, las especies involucradas rara vez se identifican, ya que son más difíciles de diferenciar.

Orden & # 8211 Carcharhiniformes Familia & # 8211 Carcharhinidae Género & # 8211 Galeocerdo Especies & # 8211 cuvier

Nombres comunes

Africanos: Tierhaai
Árabe: Jarjur, Jarjur knaza
Criollo: Requin tigre
Holandés: Tijgerhaai
Inglés: tiburón tigre, tiburón leopardo, tiburón maneater y tiburón manchado
Fiyiano: saga Qio
Finlandés: Tiikerihai
Francés: Mangeur d & # 8217hommes, Requin demoiselle, Requin tigre commun, Requin-tigre
Alemán: Tigerhai
Gujarati: Bhoavar
Griego: Carcharias
Hawaiano: Mano pa & # 8217ele
Islandés: Tígrisháfur
Italiano: Squalo tigre
Japonés: Itachizame
Kannada: Pilithatte
Kiribati: Te babatababa
Malayo: Cucut macan
Malayalam: Pulli sravu
Maorí: Mgutukao
Polaco: Zarlacz tygrysi
Portugués: Cação cabeça-chata, Jaguara, Marracho tigre, Tigre, Tintureira
Rapa: Ma`o patapata
Samoano: Naiufi
Español: Alecrin, Amarillo, Cabron, Tiburón tigre, Tintorera
Suajili: Amzani
Tagalo: hacer palmaditas
Tamil: Wulluven sorrah
Tahitiano: Ma & # 8217o rasgó rasgó
Telugu: Kethulam

Importancia para los humanos

Tiburón tigre capturado durante un derbi de pesca frente a Jacksonville, Florida en 1981. Foto © FLMNH

Los tiburones tigre son un objetivo directo por sus aletas, carne y aceite e indirectamente como captura incidental en las pesquerías comerciales y recreativas en todo el mundo. Las capturas de tiburones de tiburón tigre están documentadas en el Atlántico occidental, Australia, India, Papua Nueva Guinea, Brasil y Taiwán. En los Estados Unidos, los tiburones tigre son el tercero más común de los grandes tiburones costeros capturados. Históricamente, el hígado de tiburón tigre se usó para producir aceite rico en vitamina A, mientras que su piel gruesa y resistente se usó para cuero de calidad. El cuero de tiburón tigre se ha utilizado durante mucho tiempo para fabricar tambores tradicionales hawaianos. Además de su importancia para la industria pesquera, el tiburón tigre sigue siendo un pez de caza mayor muy buscado en las pesquerías recreativas de todo el mundo (Simpfendorfer 2009).

Peligro para los humanos

El tiburón tigre es un depredador formidable y solo superado por el tiburón blanco (Carcharodon carcharias) en términos del número de ataques notificados a seres humanos. Los tiburones tigre a menudo son curiosos y poco agresivos cuando se encuentran (Compagno et al.2005), sin embargo, son una de las tres especies más comúnmente implicadas en los ataques y muertes de tiburones y el espectáculo debe tratarse con extrema precaución y mucho respeto (ISAF 2018).

Conservación

Estado de la Lista Roja de la UICN: Casi amenazado

Las tasas de captura de esta especie en la pesca comercial y recreativa en la región del Atlántico medio han disminuido desde mediados de la década de 1980 y # 8217. Los datos tomados por observadores en barcos de pesca comercial indican que la presión de la pesca, en particular sobre los juveniles, ha afectado negativamente al tamaño de la población. La Unión Mundial para la Naturaleza (UICN) enumera al tiburón tigre como & # 8220 Casi Amenazado & # 8221 en toda su área de distribución. Sin embargo, no enfrentan un alto riesgo de extinción en la actualidad.

La UICN es una unión global de estados, agencias gubernamentales y organizaciones no gubernamentales en una asociación que evalúa el estado de conservación de las especies.

Distribución geográfica

Distribución mundial del tiburón tigre. Mapa © Árbol de la vida de Chondrichthyan

El tiburón tigre se encuentra en todas las aguas templadas y tropicales del mundo, con la excepción del mar Mediterráneo. Es una especie de amplio espectro que se encuentra en casa tanto en mar abierto como en aguas costeras poco profundas. Se han confirmado informes de individuos tan al norte como Islandia y el Reino Unido, pero estos casos probablemente sean el resultado de tiburones itinerantes que siguen la corriente más cálida del Golfo hacia el norte a través del Atlántico (Simpfendorfer 2009).

Habitat

Este tiburón tiene una tolerancia notable para muchos tipos diferentes de hábitats marinos, pero generalmente prefiere aguas turbias en las áreas costeras. Se encuentra comúnmente en estuarios de ríos, puertos y otras ensenadas donde la escorrentía de la tierra proporciona un hábitat adecuado para una variedad de presas. Los tiburones tigre también se encuentran en áreas poco profundas alrededor de grandes cadenas de islas, incluidas las lagunas y atolones de coral que se encuentran en las costas de islas oceánicas (Compagno et al. 2005). A menudo se ve en la superficie, pero se ha informado a profundidades de 350 m (1085 pies) (Simpfendorfer 2009).

Los tiburones tigre sufren migraciones estacionales. Se trasladan a aguas templadas desde los trópicos en los meses más cálidos y regresan a los trópicos durante el invierno. También realizan largas migraciones oceánicas entre islas y son capaces de viajar largas distancias en poco tiempo (Simpfendorfer 2009).

Características distintivas

Tiburón tigre (Galeocerdo cuvier). Ilustración cortesía de FAO, Species Identification and Biodata

1. La superficie dorsal de los juveniles tiene una coloración manchada que se fusiona para formar rayas parecidas a las de un tigre a medida que el tiburón crece. (Esta coloración se desvanece y las rayas se vuelven menos claras en los adultos maduros)

2. El hocico es romo y ancho.

Tiburón tigre. Foto © John Soward

Biología

Probablemente el más fácil de reconocer de los tiburones réquiem, el tigre recibe su nombre de las manchas oscuras y las barras verticales que corren a lo largo del cuerpo. La porción anterior del cuerpo es robusta pero se vuelve cada vez más delgada por detrás del abdomen. El tiburón tigre tiene una cabeza robusta con ojos grandes y un hocico notoriamente romo. La boca es grande con largos surcos labiales en las comisuras de la mandíbula. La primera aleta dorsal ancha se origina posterior a la axila pectoral. La segunda aleta dorsal, mucho más pequeña, se inicia antes del origen de la aleta anal fuertemente recurvada. Hay una cresta a lo largo de la espalda entre las dos aletas dorsales. Una quilla longitudinal baja está presente en el pedúnculo caudal y el lóbulo superior de la aleta caudal es largo y delgado con una muesca subterminal (Compagno et al. 2005).

Tiburón tigre juvenil que muestra un patrón de color. Foto © George Burgess

Coloración
Superficie dorsal gris oscuro o negra con un vientre blanco pálido y rígido. Las manchas y rayas oscuras características son más prominentes en los tiburones jóvenes y se desvanecen a medida que el tiburón madura.

A) Dientes superiores e inferiores de Galeocerdo cuvier, y B) Tiburón tigre juvenil mostrando dentición. Ilustración cortesía de Casey (1964) Bur. Pescado deportivo. & amp Wildl Circ. 179 y foto © George Burgess

Dentición
El tiburón tigre tiene una dentición muy distinta. Las mandíbulas albergan dientes grandes con cúspides curvas y bordes finamente dentados. Cada diente tiene una muesca profunda en el margen exterior revestida con numerosas cúspides. Los dientes tienen una forma similar tanto en la mandíbula superior como en la inferior y disminuyen de tamaño hacia la parte posterior de la mandíbula, hacia la esquina de la boca, como es el caso de la mayoría de los tiburones.

Tamaño, edad y crecimiento
Uno de los tiburones más grandes, el tiburón tigre comúnmente alcanza una longitud de 325-425 cm (10-14 pies) y pesa más de 385-635 kg (850-1400 lbs). La longitud al nacer varía de 51 a 76 cm (1-1,5 pies). Los machos alcanzan la madurez sexual a los 226-290 cm (7-9 pies), mientras que las hembras alcanzan la madurez a los 250-325 cm (8-10 pies) (Compagno et al. 2005). Los especímenes más grandes alcanzan longitudes de más de 5,5 m (18 pies) y se estima que pesan más de 900 kg (2000 libras).

Los tiburones tigre se alimentan de la tortuga verde. Foto cortesía de NOAA

Hábitos alimenticios
Sin duda la menos discriminativa de todas las especies, el tiburón tigre tiene la reputación de ser un animal que come casi cualquier cosa (Compagno et al. 2005). La presa preferida varía según la región geográfica, pero comúnmente incluye tortugas marinas, rayas, otros tiburones, peces óseos, aves marinas, delfines, calamares, varios crustáceos y carroña. Los dientes altamente aserrados del tiburón tigre # 8217 combinados con la acción en forma de sierra de mover la cabeza hacia adelante y hacia atrás le permiten arrancar trozos de animales marinos mucho más grandes. Curiosamente, no es raro encontrar objetos de origen humano en el estómago de este animal. Una hembra grande capturada en el extremo norte del Golfo de Aqaba en el Mar Rojo contenía dos latas vacías, una botella de plástico, dos sacos de arpillera, un calamar y un pez de 20 cm (8 pulgadas). La basura y los desperdicios a menudo se recuperan del estómago de los tiburones capturados en puertos y ensenadas de ríos, donde comúnmente se arrojan al agua. Aunque lejos de ser un alimento natural, los restos humanos en algún momento terminan en las entrañas de estos tiburones carroñeros. Los tiburones tigre son cazadores solitarios que se alimentan principalmente de noche a medida que el tiburón se mueve más cerca de la costa y más cerca de la superficie. A veces se les ve en grupos, pero esto probablemente se deba a la disponibilidad de alimentos más que al comportamiento social.

Tiburón tigre hembra con cicatrices de apareamiento por mordeduras de macho durante los intentos de apareamiento. Foto © Doug Perrine

Reproducción
El tiburón tigre emplea una estrategia reproductiva muy inusual. Da a luz crías vivas al igual que sus parientes cercanos, los tiburones martillo y los tiburones réquiem, pero a diferencia de estas especies, no utiliza placenta para nutrir a los embriones en desarrollo. En cambio, los embriones de tiburón tigre se desarrollan a partir de huevos relativamente grandes en las etapas iniciales de desarrollo. Cuando se agota el suministro de yema, el embrión en desarrollo pasa a beber líquido uterino como fuente de nutrición, a través de un proceso denominado "embriotrofia", durante las últimas etapas del desarrollo. (Castro et al. 2015) Este modo de reproducción, en el que los animales nacen vivos pero no se alimentan a través de una placenta, se conoce en términos generales como ovoviviparidad. El período de gestación varía de 13 a 16 meses, momento en el que una hembra puede dar a luz de 10 a 82 crías. En el hemisferio norte, el apareamiento tiene lugar entre marzo y mayo y las crías nacen entre abril y junio del año siguiente. En el hemisferio sur, se cree que la cría se produce de noviembre a enero (Simfendorfer 2009).

Taxonomía

Descrito por primera vez por Perón y Lessueur en Lessueur (1822), el tiburón tigre recibió el nombre Squalus cuvier. Más tarde, Muller y Henle (1837) designaron Squalus arcticus (Faber, 1829) como especie tipo y sugirió el nombre Galeocerdo tigrinus. Desde entonces se han utilizado varios sinónimos que incluyen: Galeus cepedianus Agassiz 1838, Galeus maculatus Ranzani 1840, Carcharias fasciatus Bleeker 1852, Galeocerdo rayneri McDonald & amp Barron 1868, Galeocerdo obtusus Klunzinger 1871 y Carcharias hemprichii Klunzinger 1871. El nombre del género Galeocerdo se deriva del griego antiguo, & # 8220γαλεος & # 8221 (galeos) = Aristóteles & # 8217s tiburón y & # 8220κερδω & # 8221 (kerdo) = el zorro.

Referencias

Castro, J.I., Sato, K. y Bodine, A.B. (2016) Un modo novedoso de nutrición embrionaria en el tiburón tigre, Galeocerdo cuvier, Marine Biology Research, 12: 2, 200-205, DOI: 10.1080 / 17451000.2015.1099677

Compagno, L., Dando, M. y Fowler, S. (2005) Una guía de campo para los tiburones del mundo. Londres: Harper Collins Publishers Ltd.


Abstracto

Planeación de la Conservación en las Fronteras de China con Myanmar, Laos y Vietnam

Resumen

La conservación transfronteriza cada vez juega un papel más importante en la preservación de la integridad del ecosistema y en el freno a la pérdida local de la biodiversidad causada por las actividades antropogénicas. Sin embargo, la falta de información sobre la distribución de las especies en las regiones transfronterizas y de la comprensión de las amenazas en estas áreas obstaculiza la conservación. Desarrollamos un plan de conservación espacial para las áreas transfronterizas entre la provincia de Yunnan, al suroeste de China, y los países vecinos Myanmar, Laos y Vietnam localizadas en el punto caliente de biodiversidad Indo-Birmania. Para identificar las áreas prioritarias para la conservación y la restauración, determinamos los patrones de distribución de las especies y los cambios recientes en el uso de suelo y examinamos las dinámicas espaciotemporales del bosque natural conectado, el cual mantiene la mayoría de las especies. Evaluamos la conectividad con el área equivalente conectada (AEC), que es la cantidad de hábitat accesible para una especie. Un AEC incorpora la presencia del hábitat en un fragmento y la cantidad de hábitat en otros fragmentos dentro de la distancia de dispersión. Analizamos 197,845 registros de localidades desde colecciones de especímenes y monografías para 21,004 especies de plantas y de vertebrados. La región de Yunnan inmediatamente adyacente a las fronteras internacionales tuvo la riqueza de especies más alta con el 61% de las especies registradas y el 56% de los vertebrados amenazados, lo que sugiere un elevado valor de conservación. Las imágenes satelitales demostraron que el área del bosque natural en la zona fronteriza declinó en un 5.2% (13,255 km 2) entre 1995 y 2018 y que los sembradíos de monocultivos incrementaron en un 92.4%, los matorrales en un 10.1% y otras tierras de cultivo en un 6.2%. La declinación resultante en el bosque natural conectado redujo la cantidad del hábitat, especialmente para los especialistas del bosque con habilidades limitadas de dispersión. La declinación más grave en la conectividad ocurrió a lo largo de la frontera entre China y Vietnam. Muchas áreas prioritarias atraviesan las fronteras internacionales, lo que indica una demanda y un potencial para el establecimiento de áreas protegidas transfronterizas. Nuestros resultados ejemplifican la importancia de la cooperación bi- y multilateral para proteger la biodiversidad en esta región y proporciona información para la planeación y práctica de conservación en el futuro.


¡Ideas interesantes del gamo!

El gamo ha sido parte de la historia humana probablemente desde que los humanos eran & # 8220humanos. & # 8221 ¡No es sorprendente que el gamo tenga muchas lecciones sobre conceptos biológicos importantes! Las siguientes son algunas de las cosas más importantes que esta especie nos puede enseñar sobre biología:

& # 8220La rutina & # 8221 & # 8211 Una estrategia de tiempo

Los ciclos estrales femeninos generalmente impulsan la rutina, ya que las hembras solo entran en celo una vez al año. Por lo tanto, los machos solo tienen una oportunidad limitada de reproducirse y deben intentar embarazar a tantas hembras como sea posible. Durante la rutina, los machos de los ciervos en barbecho pueden tener diferentes estrategias para atraer parejas, según el entorno y el tamaño de la población local.

Especies trasplantadas por humanos

Si observa el mapa de las poblaciones de gamo a continuación, puede resultar sorprendente ver que el gamo tiene varias poblaciones distintas que se encuentran repartidas por todo el mundo. De hecho, los diferentes colores de este mapa corresponden a diferentes expansiones de la distribución del gamo a lo largo del tiempo.

La población histórica en marrón (1) representa la población más antigua conocida de gamo. Estas poblaciones han sido cazadas por humanos durante cientos de miles de años. La población roja (2), probablemente representa una expansión de la población original traída a Grecia por civilizaciones antiguas.

La población púrpura (3) representa la expansión romana de la población de gamos, con registros históricos que muestran que los ciervos fueron traídos junto con los ejércitos romanos y fueron alentados a formar poblaciones salvajes. Estos esfuerzos probablemente llevaron al gamo a muchas partes de Europa.

La última población, en verde azulado (4), representa las introducciones & # 8220modernas & # 8221 de gamo que se han producido desde principios del siglo XX. El gamo ha llegado a América del Norte, América del Sur, Sudáfrica, Australia y Nueva Zelanda, la mayoría de las veces de la importación de animales vivos para la caza.

En lugares como Texas y Argentina, el gamo se cría a menudo en ranchos. & # 8220Cazas & # 8221 de estos ciervos se venden a ricos propietarios de armas, aunque la caza de subsistencia de ciervos en barbecho no se ha producido en mucho tiempo. Los ecologistas deben vigilar cuidadosamente estas poblaciones introducidas para asegurarse de que no causen daños como el sapo de caña, el pez cebra u otras especies invasoras.

Poligamia en diferentes ecosistemas

Como muchos otros cérvidos, el gamo practica poliginia. & # 8220Poly - & # 8221 significa muchos, mientras que & # 8220gyne & # 8221 significa & # 8220wive & # 8221 & # 8211 juntos, & # 8220muchas esposas. & # 8221

Los animales que practican la poligamia forman grupos con un macho para muchas hembras. Se opone a poliandria, donde una hembra controla un grupo de muchos machos (a veces se ve en los peces). Una especie poligínica puede operar bajo diferentes reglas, dependiendo del entorno, la densidad de especies y los comportamientos locales.

Se han observado gamo practicando dos tipos de poligamia: Harems y Lekking. Los machos que forman harenes permanecen con el grupo mientras se mueve. Por lo general, el macho intentará mantener a sus hembras juntas, de modo que ningún otro macho pueda colarse para tener acceso. Por el contrario, los machos lekking defienden un territorio valioso & # 8211 o lek & # 8211 que las hembras vagan. Mientras estén en su territorio, solo él podrá intentar copular.

Los estudios han demostrado que el método que elija una población de gamos depende en gran medida del entorno local. Cuando las hembras se desplazan largas distancias en áreas de escasos recursos, los machos tienden a formar harenes para protegerlas. Cuando las hembras están ubicadas en un área con muchos recursos, los machos tenderán a proteger las mejores áreas donde pasan la mayoría de las hembras. Esto no es una hazaña fácil para los machos de cualquier manera & # 8211 los investigadores han demostrado que los ciervos en barbecho machos pueden perder hasta un 17% de su peso corporal durante la rutina, mientras intentan defender a las hembras o el territorio.


Fondo

La biología de sistemas es un campo de investigación que analiza grandes cantidades de datos ómicos de forma bioinformática, construye modelos para sistemas biológicos y confirma hipótesis impulsadas por modelos mediante experimentos biológicos (Kitano 2002 Sauer et al. 2007). Este enfoque proporciona una visión biológica general que es difícil de construir utilizando un solo enfoque (Fang y Casadevall 2011). También es un campo de investigación multidisciplinar que no se puede distinguir de la definición de bioinformación (Vincent y Charette 2015).

La biología de sistemas acelera la comprensión del cáncer humano, la diabetes y la enfermedad de Parkinson (Du y Elemento 2015 Bakar et al.2015 Michel et al.2016), reconstruye las vías del metabolismo de microbios y algas para hacer fábricas de células (De Bhowmick et al.2015 Nielsen y Keasling 2016), y explora la biología sintética (Andrianantoandro et al. 2006 Barrett et al. 2006 Cameron et al. 2014). En la investigación de plantas, se han introducido tecnologías de alto rendimiento (Yin y Struik, 2010 Glinski y Weckwerth 2006 Egan et al. 2012) y facilitan una gran cantidad de investigación (Yuan et al. 2008 Fernie 2012). Por ejemplo, la biología de los sistemas vegetales ha producido nuevos conocimientos sobre el metabolismo (Schauer y Fernie 2006 Last et al. 2007 Sweetlove et al. 2014), las respuestas al estrés (Cramer et al. 2011 Jung et al. 2013 Nakabayashi y Saito 2015) y investigación ómica (Rajasundaram y Selbig 2016). Además, junto con la tecnología de edición del genoma CRISPR / Cas9, se ha establecido la biología sintética vegetal (Liu y Stewart Jr 2015 Baltes y Voytas 2015).

Se espera que la demanda mundial de cultivos básicos aumente en un 60% entre 2010 y 2050 (Fischer et al. 2014). El arroz, el trigo y el maíz son los tres grandes cereales mundiales que juntos representan

87% de toda la producción de cereales a nivel mundial. El arroz es una planta de cultivo modelo, fue la primera planta cuya información del genoma completo fue secuenciada entre cultivos de cereales (Goff et al.2002 International Rice Genome Sequencing Project 2005), y se han establecido extensos estudios genéticos y plataformas tecnológicas para la investigación genómica funcional en arroz. . Los principales objetivos de la investigación del arroz son identificar la diversidad funcional de cada gen y mejorar las características agronómicas del cultivo (Zhang 2007 Zhang et al. 2008). Con ese fin, se han desarrollado datos multiómicos utilizando nuevas tecnologías, incluida la secuenciación de próxima generación (NGS), y se han construido muchos mutantes indexados genéticamente mediados por T-DNA o inserción de elementos transponibles (Wei et al. 2013). Estos recursos facilitan la genómica funcional a partir de 2017, se habían identificado funcionalmente alrededor de 3000 genes en el arroz (Jiang et al.2012 Yao et al.2018). Junto con la información cada vez mayor sobre el trigo y el maíz, el avance de enfoques sistemáticos en el arroz ayudará a mejorar las características agronómicas de otras plantas de cultivo. Por ejemplo, los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) basados ​​en NGS han mejorado la resolución del mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL) en las progenies de cruces biparentales (Han y Huang 2013 Wang et al. 2016), el mejoramiento sistémico se basa en modelos ( Hammer et al.2006 Lavarenne et al.2018), y la biología sintética se está utilizando para la mejora de cultivos (de Lange et al.2018).

Los datos que subyacen a la biología de los sistemas están creciendo de manera explosiva (Stephens et al. 2015). Para administrar esos macrodatos de manera eficiente, se han generado alrededor de 4800 bases de datos (Wren et al. 2017). Se encuentran disponibles muchos recursos de biología de sistemas e investigaciones bien revisadas en arroz (Chandran y Jung 2014 Garg y Jaiswal 2016 Li et al. 2018). Sin embargo, dada la proliferación, el desarrollo y las actualizaciones de las bases de datos (Ősz et al.2017 Imker 2018), una revisión actualizada de la infraestructura de investigación es esencial. En esta revisión, informamos sobre el desarrollo de herramientas y bases de datos y las clasificamos de acuerdo con sus principales contribuciones a la biología de sistemas en el arroz. También discutimos el uso de los recursos y las instrucciones para una mayor reproducción y aplicaciones.


Información sobre la biodiversidad al servicio de nuestra nación (BISON): datos y mapas de presencia de especies de América del Norte Explorar y descargar datos y mapas de presencia de especies de América del Norte

USGS Biodiversity Information Serving Our Nation (BISON) es un recurso de mapeo federal único basado en la web para los datos de ocurrencia de especies en los Estados Unidos y sus Territorios y Canadá, incluidas las Zonas Económicas Exclusivas (ZEE) marinas.

Contribuciones de BISON a GBIF

El Servicio Geológico de los Estados Unidos (USGS) aloja y administra el Nodo de EE. UU. (GBIF-EE. UU.) Del Fondo de Información sobre Biodiversidad Global (GBIF), con el proyecto Información de Biodiversidad al Servicio de Nuestra Nación (BISON) como una contribución a la red informática de biodiversidad del Nodo. BISON proporciona una vista especializada de acceso público de los registros de GBIF para los EE. UU., Territorios de EE. UU., Canadá y las Zonas Económicas Exclusivas (ZEE) marinas de EE. UU. Y Canadá, y ayuda con la movilización de registros de ocurrencia de especies de EE. UU., Territorios de EE. UU. Y Canadá a GBIF a través de la instancia BISON de GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT). La instancia BISON de GBIF IPT también proporciona acceso público a registros de metadatos detallados para cada conjunto de datos que el equipo de datos de BISON y sus socios han puesto a disposición a través de BISON. BISON tiene un nicho único en la comunidad de GBIF al centrarse en las colecciones del gobierno de los EE. UU., Los datos de especies invasoras y los datos de polinizadores para su inclusión en GBIF.

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Los datos geoespaciales de los límites marítimos (EEZ) obtenidos de las regiones marinas están sujetos a la licencia CC BY-NC-SA 4.0 internacional no comercial ShareAlike. Los vértices de estos datos geoespaciales se han simplificado para que coincidan con la escala de otros datos utilizados en la aplicación BISON.


Fondo

GinsengPanax ginseng CALIFORNIA. Meyer) es una hierba perenne de la Panax género de la familia Araliaceae y se ha utilizado ampliamente como medicina tradicional en Asia oriental y América del Norte. Los principales componentes bioactivos del ginseng son los ginsenósidos (colectivamente un grupo de saponinas triterpénicas), que se biosintetizan a través de la vía isoprenoide [1]. El ginseng tiene varios efectos terapéuticos en los seres humanos, incluido el tratamiento del cáncer, la diabetes, el sistema cardiovascular y el estrés [2, 3, 4, 5, 6]. P. ginseng se sabe que es tetraploide (2n = 4 × = 48), con un tamaño de genoma estimado de aproximadamente 3,6 Gbp [7, 8]. Su genoma grande y altamente repetitivo, que ha experimentado la duplicación del genoma completo, ha impedido el progreso de la secuenciación del genoma completo de P. ginseng [7]. Además, el largo tiempo de generación (4 años) y la dificultad de mantenimiento en los campos de cultivo de ginseng han limitado el estudio genético de P. ginseng. Sin embargo, con el advenimiento de nuevas tecnologías de secuenciación, se han generado etiquetas de secuencia expresada (EST) y datos de RNA-Seq a partir de diversos tejidos y etapas de crecimiento de P. ginseng [9,10,11,12], sobre la base de la cual se han caracterizado una serie de genes implicados en la vía de biosíntesis de ginsenósidos [10, 11]. Recientemente, las secuencias completas del genoma del cloroplasto de P. ginseng Se caracterizaron cultivares y especies relacionadas [13, 14]. Además, la diversidad del genoma del cloroplasto entre especies e intraespecies también se identificó para la autenticación de cultivares y especies de ginseng [13,14,15,16,17].

Al comienzo de este proyecto, un total de 17.773 tecnologías ecológicamente racionales de NCBI db-EST (en enero de 2017) y una base de datos para la raíz adventicia [9] estaban disponibles públicamente para el ginseng. Sin embargo, estos datos fueron insuficientes para facilitar la genómica funcional y comparativa y el mejoramiento molecular del ginseng. No había una base de datos completa disponible públicamente para el ginseng a pesar de su importancia como cultivo medicinal con alto valor farmacológico. Dado que el ginseng muestra numerosos efectos sobre la salud humana, una base de datos genómica y transcriptómica es vital para las comunidades de investigación del ginseng y otros parientes cercanos en el orden de Apiales. También se prevé que una base de datos integrada de recursos genéticos, genómicos y metabolómicos del ginseng serviría como un recurso valioso para la genómica traslacional. Recientemente, generamos una gran cantidad de datos genómicos y transcriptómicos para P. ginseng cultivar “Chunpoong” [18].

En este estudio, creamos una base de datos dinámica que integra un borrador de secuencia del genoma, perfiles de transcriptoma y conjuntos de datos de anotación de ginseng. Esta base de datos del genoma del ginseng ahora está disponible públicamente (http://ginsengdb.snu.ac.kr/) para el uso de la comunidad científica de todo el mundo para explorar las vastas posibilidades.

Esta base de datos fácil de usar servirá como un centro para extraer secuencias de genes y sus datos de expresión digital de muestras de varios tejidos, etapas de desarrollo y tratamientos. Our database interface will facilitate the easy retrieval of gene families and associated functional annotations using InterPro, KEGG, BLAST and Gene Ontology (GO) databases. To expedite metabolomics in ginseng, we have made a separate section that categorizes the genes associated with various metabolic pathways including the ginsenoside biosynthesis pathway. In addition, we have included robust tools such as BLAST and genome browser (JBrowse) [19] for survey and visualization of ginseng genomic features. This database will be updated regularly with new genome sequences and information on annotation and will provide reference genomic information for research in P. ginseng as well as related species.


Electronic supplementary material is available online at https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.c.4571510.

Publicado por la Royal Society. Reservados todos los derechos.

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