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Ayuda a leer el cromatograma

Ayuda a leer el cromatograma


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En este cromatograma se encuentra una variación genética:

Dice que la "secuencia de referencia" es la línea superior y que puedo usar el código genético general para encontrar el marco de lectura.

Puedo ver que hay dos N en lugar de una G y una C. Sin embargo, no sé qué significa esto. Tampoco estoy seguro de cómo encontraría el marco de lectura. Supongo que podría buscar un codón de inicio y finalización, pero ¿podría leerlos en ambos sentidos?

Última pregunta: ¿Es probable que este cambio sea patógeno? No estoy seguro de cómo clasificar una variación como patógena o no.


Entonces, las dos N que ve no son necesariamente variantes, sino más bien lecturas de mala calidad. Esencialmente, cuando secuencia el ADN y el secuenciador no puede hacer una llamada sobre cuál es la base, simplemente la designará N, lo que significa que la base podría ser cualquiera de las cuatro bases de ADN.

En cuanto a encontrar la lectura de, si sabe que esta secuencia contiene un codón de parada, eso ayuda, y simplemente busque cualquiera de las secuencias de parada. De lo contrario, busque bases que coincidan con las secuencias de codones y, si obtiene una cadena completa de secuencia que codifica aminoácidos, probablemente estará en lo cierto.

Como referencia, aquí hay un enlace a un gráfico de codones que lo ayudará a descifrar el marco de lectura.

¿Eso ayuda?


Los rastros que ha venido de la secuenciación de Sanger. N en genética significa nucleótido (¿sorprendente verdad?). N se utiliza cuando se desconoce la base en una ubicación determinada (o podría ser cualquier par de bases).

En su caso, tiene Ns porque el software de llamada de bases no puede determinar el nucleótido. El primer N se debe a dos picos superpuestos (señales G y A) y el segundo debería ser una C en lugar de una N.

Por lo que puedo ver, no tiene mutaciones aparentes, por lo que es poco probable que esos cambios sean patógenos. Se puede llamar a una mutación cuando sabe que una base en la referencia se modifica en su muestra, que no es el caso aquí (simplemente N -> G y una N -> C). Las señales para sus N se ven muy similares entre su referencia y su muestra, por lo tanto, no sugieren una mutación.

Para el marco de lectura, debe buscar un codón de inicio (ATG) y un codón de parada (TAG, TAA o TGA) para identificar el marco de lectura abierto (ORF). Varios software hacen eso y aquí hay un enlace a una herramienta NCBI en línea llamada ORF Finder.

Como señaló, el ORF también puede estar en la hebra inversa. No desea mirar la secuencia inversa, sino la complementario inverso secuencia. Por lo general, las herramientas para detectar ORF tienen la opción de observar ambos capítulos.


Ayuda para leer el cromatograma - Biología

Un cromatograma (a veces también llamado electroferograma) es la representación visual de una muestra de ADN producida por una máquina de secuenciación (como Applied Biosystems ABI PRISM 7700 Sequence Detection System).

Fig. 1 - Ejemplo de cromatograma. Las barras verdes por encima del cromatograma alcanzan puntuaciones de confianza altas.

El ensamblador de secuencias de ADN admite archivos de cromatograma SCF y ABI (ABI, AB, AB !, AB1). Para abrir un archivo de cromatograma, simplemente haga doble clic en él en el Administrador de proyectos.

Los archivos de cromatograma se pueden convertir fácilmente a ABI, FASTA, SEQ o TXT con herramientas como DNA Sequence Assembler, DNA Chromatogram Explorer, Batch ABI to FASTA converter. Consulte la página de descargas para obtener más detalles.

¿Qué es un buen cromatograma?

Con DNA Baser es fácil diferenciar entre un cromatograma bueno (confiable) y uno deficiente. Solo mire las barras verdes que se muestran sobre cada base. Estas barras representan las puntuaciones de confianza. Una barra alta significa que se puede confiar en la llamada base. Una barra baja significa que no se puede confiar en la llamada de la base.

Por lo general, los cromatogramas deficientes introducen ambigüedades no deseadas en su contig. Sin embargo, si ensambla un buen cromatograma y uno deficiente, DNA Baser sabrá cómo extraer la información útil del buen cromatograma y le dará menos confianza al mal cromatograma.

- sin ambigüedades
- ningun ruido
- picos muy bien espaciados


Lecturas de calidad media
- algunas ambigüedades
- los picos todavía están bien espaciados
- algunos tramos homopoliméricos no están bien resueltos

- la diferencia entre ruido y señal es muy pequeña

- la amplitud total de la señal es pequeña

- baja confianza en la asignación de bases (puntuación de confianza baja)

Algunos de mis archivos de cromatograma ABI están dañados


El formato ABI se inventó hace mucho tiempo. Puede considerarse un formato obsoleto porque tiene problemas para almacenar grandes secuencias / cromatogramas. A menudo, los archivos ABI generados por algunas máquinas están dañados. Cuando DNA Sequence Assembler encuentra un cromatograma dañado, automáticamente intentará restaurar los datos y escribirá un informe (en la misma carpeta donde se encuentra el archivo) para ese archivo de cromatograma dañado.

¿Por qué el formato SCF es mejor que el formato ABI?


No solo el formato SCF no tiene el error mencionado anteriormente, sino que ofrece muchas otras características adicionales. Además, el formato SCF fue diseñado para ser comprimido fácilmente (usando programas como WinRar o WinZip). Esto es muy importante para las empresas que almacenan grandes cantidades de archivos de cromatogramas.
Le recomendamos encarecidamente que utilice el formato SCF en lugar de ABI.

Detalles sobre archivos de cromatograma

BioSoft proporciona herramientas de software de análisis y ensamblaje de secuencias eficaces, fáciles de usar y fáciles de usar para los biólogos para satisfacer las necesidades siempre cambiantes de los investigadores y diagnosticadores genéticos / médicos de hoy en día. Todas nuestras herramientas de software son el resultado de colaboraciones estrechas y efectivas con la comunidad genética. Por lo tanto, si uno de nuestros programas de software no satisface sus necesidades exactas, no dude en ponerse en contacto con nosotros.


Contenido

La cromatografía, pronunciada / ˌ k r oʊ m ə ˈ t ɒ ɡ r ə f i /, se deriva del griego χρῶμα croma, que significa "color", y γράφειν grafeína, que significa "escribir". La combinación de estos dos términos se heredó directamente de la invención de la técnica que se utilizó por primera vez para separar los pigmentos. [3]

La cromatografía fue ideada por primera vez en Rusia por el científico nacido en Italia Mikhail Tsvet en 1900. [4] Desarrolló la técnica, acuñó cromatografía, en la primera década del siglo XX, principalmente para la separación de pigmentos vegetales como clorofila, carotenos y xantofilas. Dado que estos componentes se separan en bandas de diferentes colores (verde, naranja y amarillo, respectivamente), inspiraron directamente el nombre de la técnica. Los nuevos tipos de cromatografía desarrollados durante las décadas de 1930 y 1940 hicieron que la técnica fuera útil para muchos procesos de separación. [5]

La técnica de la cromatografía se desarrolló sustancialmente como resultado del trabajo de Archer John Porter Martin y Richard Laurence Millington Synge durante las décadas de 1940 y 1950, por lo que ganaron el Premio Nobel de Química de 1952. [6] Establecieron los principios y técnicas básicas de la cromatografía de partición, y su trabajo alentó el rápido desarrollo de varios métodos cromatográficos: cromatografía en papel, cromatografía de gases y lo que se conocería como cromatografía líquida de alta resolución. Desde entonces, la tecnología ha avanzado rápidamente. Los investigadores encontraron que los principios fundamentales de la cromatografía de Tsvet podrían aplicarse de muchas formas diferentes, dando como resultado las diferentes variedades de cromatografía que se describen a continuación. Los avances están mejorando continuamente el rendimiento técnico de la cromatografía, permitiendo la separación de moléculas cada vez más similares.

  • Analito - la sustancia que se va a separar durante la cromatografía. También es normalmente lo que se necesita de la mezcla.
  • Cromatografia analitica - el uso de cromatografía para determinar la existencia y posiblemente también la concentración de analitos en una muestra.
  • Fase consolidada - una fase estacionaria que se une covalentemente a las partículas de soporte o a la pared interior de la tubería de la columna.
  • Cromatograma - la salida visual del cromatógrafo. En el caso de una separación óptima, diferentes picos o patrones en el cromatograma corresponden a diferentes componentes de la mezcla separada.

La cromatografía se basa en el concepto de coeficiente de partición. Cualquier soluto se divide entre dos disolventes inmiscibles. Cuando inmovilizamos un solvente (por adsorción en una matriz de soporte sólido) y otro móvil resulta en las aplicaciones más comunes de la cromatografía. Si el soporte de la matriz, o la fase estacionaria, es polar (por ejemplo, papel, sílice, etc.) es cromatografía de fase directa, y si es no polar (C-18) es fase inversa.

Cromatografía en columna Editar

La cromatografía en columna es una técnica de separación en la que el lecho estacionario está dentro de un tubo. Las partículas de la fase estacionaria sólida o el soporte recubierto con una fase estacionaria líquida pueden llenar todo el volumen interior del tubo (columna empaquetada) o concentrarse sobre o a lo largo de la pared interior del tubo dejando un camino abierto e irrestricto para la fase móvil en la parte media del tubo (columna tubular abierta). Las diferencias en las velocidades de movimiento a través del medio se calculan para diferentes tiempos de retención de la muestra. [8] [9] En 1978, W. Clark Still introdujo una versión modificada de la cromatografía en columna llamada cromatografía en columna ultrarrápida (destello). [10] [11] La técnica es muy similar a la cromatografía en columna tradicional, excepto que el disolvente pasa a través de la columna aplicando presión positiva. Esto permitió que la mayoría de las separaciones se realizaran en menos de 20 minutos, con separaciones mejoradas en comparación con el método anterior. Los sistemas de cromatografía ultrarrápida modernos se venden como cartuchos de plástico preenvasados ​​y el disolvente se bombea a través del cartucho. Los sistemas también pueden estar vinculados con detectores y recolectores de fracciones que proporcionan automatización. La introducción de bombas de gradiente resultó en separaciones más rápidas y menos uso de solventes.

En la adsorción en lecho expandido, se usa un lecho fluidizado, en lugar de una fase sólida hecha por un lecho empacado. Esto permite la omisión de los pasos iniciales de limpieza, como la centrifugación y la filtración, para caldos de cultivo o pastas de células rotas.

La cromatografía de fosfocelulosa utiliza la afinidad de unión de muchas proteínas de unión al ADN por la fosfocelulosa. Cuanto más fuerte es la interacción de una proteína con el ADN, mayor es la concentración de sal necesaria para eluir esa proteína. [12]

Cromatografía plana Editar

Cromatografía plana es una técnica de separación en la que la fase estacionaria está presente como o sobre un plano. El plano puede ser un papel, que sirva como tal o impregnado por una sustancia como lecho estacionario (cromatografía en papel) o una capa de partículas sólidas esparcidas sobre un soporte como una placa de vidrio (cromatografía en capa fina). Los diferentes compuestos en la mezcla de muestra viajan diferentes distancias según la fuerza con la que interactúan con la fase estacionaria en comparación con la fase móvil. El factor de retención específico (RF) de cada sustancia química se puede utilizar para ayudar en la identificación de una sustancia desconocida.

Cromatografía de papel Editar

La cromatografía en papel es una técnica que consiste en colocar un pequeño punto o línea de solución de muestra en una tira de papel de cromatografía. El papel se coloca en un recipiente con una capa poco profunda de disolvente y se sella. A medida que el solvente sube a través del papel, se encuentra con la mezcla de muestra, que comienza a viajar por el papel con el solvente. Este papel está hecho de celulosa, una sustancia polar, y los compuestos dentro de la mezcla viajan más lejos si son menos polares. Las sustancias más polares se unen con el papel de celulosa más rápidamente y, por lo tanto, no viajan tan lejos.

Cromatografía de capa fina (TLC) Editar

La cromatografía de capa fina (TLC) es una técnica de laboratorio ampliamente empleada para separar diferentes productos bioquímicos sobre la base de sus atracciones relativas a las fases estacionaria y móvil. Es similar a la cromatografía en papel. Sin embargo, en lugar de utilizar una fase estacionaria de papel, se trata de una fase estacionaria de una capa delgada de adsorbente como gel de sílice, alúmina o celulosa sobre un sustrato plano e inerte. La TLC es muy versátil y se pueden separar varias muestras simultáneamente en la misma capa, lo que la hace muy útil para aplicaciones de detección, como pruebas de niveles de fármacos y pureza del agua. [13] La posibilidad de contaminación cruzada es baja ya que cada separación se realiza en una nueva capa. En comparación con el papel, tiene la ventaja de realizar tiradas más rápidas, mejores separaciones, mejor análisis cuantitativo y la posibilidad de elegir entre diferentes adsorbentes. Para una resolución aún mejor y una separación más rápida que utiliza menos disolvente, se puede utilizar TLC de alto rendimiento. Un uso popular más antiguo había sido para diferenciar cromosomas observando la distancia en gel (la separación de era un paso separado).

El principio básico de la cromatografía de desplazamiento es: una molécula con una alta afinidad por la matriz cromatográfica (el desplazador) compite eficazmente por los sitios de unión y, por lo tanto, desplaza todas las moléculas con menos afinidades. [14] Existen claras diferencias entre la cromatografía de elución y la de desplazamiento. En el modo de elución, las sustancias normalmente emergen de una columna en picos gaussianos estrechos. Se desea una amplia separación de picos, preferiblemente hasta la línea base, para una purificación máxima. La velocidad a la que cualquier componente de una mezcla desciende por la columna en el modo de elución depende de muchos factores. Pero para que dos sustancias viajen a diferentes velocidades y, por lo tanto, se resuelvan, debe haber diferencias sustanciales en alguna interacción entre las biomoléculas y la matriz cromatográfica. Los parámetros operativos se ajustan para maximizar el efecto de esta diferencia. En muchos casos, la separación de la línea base de los picos se puede lograr solo con elución en gradiente y cargas de columna bajas. Por tanto, dos inconvenientes de la cromatografía en modo de elución, especialmente a escala preparativa, son la complejidad operativa, debido al bombeo de disolvente en gradiente, y el bajo rendimiento, debido a las bajas cargas de la columna. La cromatografía de desplazamiento tiene ventajas sobre la cromatografía de elución en que los componentes se resuelven en zonas consecutivas de sustancias puras en lugar de "picos". Debido a que el proceso aprovecha la no linealidad de las isotermas, se puede separar una alimentación de columna más grande en una columna determinada con los componentes purificados recuperados en concentraciones significativamente más altas.

Cromatografía de gases Editar

La cromatografía de gases (GC), también conocida a veces como cromatografía de gas-líquido (GLC), es una técnica de separación en la que la fase móvil es un gas. La separación por cromatografía de gases siempre se lleva a cabo en una columna, que normalmente está "empaquetada" o "capilar". Las columnas empaquetadas son los caballos de trabajo rutinarios de la cromatografía de gases, son más baratas y fáciles de usar y, a menudo, brindan un rendimiento adecuado. Las columnas capilares generalmente brindan una resolución muy superior y, aunque son más caras, se están utilizando ampliamente, especialmente para mezclas complejas. Además, las columnas capilares se pueden dividir en tres clases: columnas tubulares abiertas de capa porosa (PLOT), tubulares abiertas revestidas de pared (WCOT) y tubulares abiertas revestidas de soporte (SCOT). Las columnas PLOT son únicas en el sentido de que la fase estacionaria se adsorbe a las paredes de la columna, mientras que las columnas WCOT tienen una fase estacionaria que está unida químicamente a las paredes. Las columnas SCOT son en cierto modo la combinación de los dos tipos mencionados de manera que tienen partículas de soporte adheridas a las paredes de la columna, pero esas partículas tienen una fase líquida unida químicamente a ellas. [15] Ambos tipos de columna están hechos de materiales no adsorbentes y químicamente inertes. El acero inoxidable y el vidrio son los materiales habituales para las columnas empaquetadas y el cuarzo o sílice fundida para las columnas capilares.

La cromatografía de gases se basa en un equilibrio de partición del analito entre una fase estacionaria líquida sólida o viscosa (a menudo un material a base de silicona líquida) y un gas móvil (con mayor frecuencia helio). La fase estacionaria se adhiere al interior de un tubo de vidrio o de sílice fundida (una columna capilar) de diámetro pequeño (comúnmente 0,53 - 0,18 mm de diámetro interior) o una matriz sólida dentro de un tubo de metal más grande (una columna empaquetada). Es ampliamente utilizado en química analítica, aunque las altas temperaturas utilizadas en GC lo hacen inadecuado para biopolímeros o proteínas de alto peso molecular (el calor los desnaturaliza), que se encuentran con frecuencia en bioquímica, es muy adecuado para su uso en la petroquímica, control ambiental y remediación. y campos químicos industriales. También se utiliza ampliamente en la investigación química.

Cromatografía líquida Editar

La cromatografía líquida (LC) es una técnica de separación en la que la fase móvil es un líquido. Se puede realizar tanto en columna como en plano. La cromatografía líquida actual, que generalmente utiliza partículas de relleno muy pequeñas y una presión relativamente alta, se denomina cromatografía líquida de alta resolución (HPLC).

En HPLC, la muestra es forzada por un líquido a alta presión (la fase móvil) a través de una columna que está empaquetada con una fase estacionaria compuesta por partículas de forma irregular o esférica, una capa monolítica porosa o una membrana porosa. La HPLC se ha dividido históricamente en dos subclases diferentes según la polaridad de las fases móvil y estacionaria. Los métodos en los que la fase estacionaria es más polar que la fase móvil (p. Ej., Tolueno como fase móvil, sílice como fase estacionaria) se denominan cromatografía líquida de fase normal (NPLC) y lo contrario (p. Ej., Mezcla de agua y metanol como fase móvil). fase y C18 (octadecilsililo) como fase estacionaria) se denomina cromatografía líquida de fase inversa (RPLC).

Las técnicas específicas bajo este amplio título se enumeran a continuación.

La cromatografía de afinidad [16] se basa en la interacción selectiva no covalente entre un analito y moléculas específicas. Es muy específico, pero no muy robusto. Se utiliza a menudo en bioquímica en la purificación de proteínas unidas a etiquetas. Estas proteínas de fusión están marcadas con compuestos como etiquetas His, biotina o antígenos, que se unen específicamente a la fase estacionaria. Después de la purificación, generalmente se eliminan algunas de estas etiquetas y se obtiene la proteína pura.

La cromatografía de afinidad a menudo utiliza la afinidad de una biomolécula por un metal (Zn, Cu, Fe, etc.). Las columnas a menudo se preparan manualmente. Las columnas de afinidad tradicionales se utilizan como paso preparativo para eliminar biomoléculas no deseadas.

Sin embargo, existen técnicas de HPLC que utilizan propiedades de cromatografía de afinidad. La cromatografía de afinidad de metales inmovilizados (IMAC) [17] [18] es útil para separar las moléculas antes mencionadas basándose en la afinidad relativa por el metal (es decir, Dionex IMAC). A menudo, estas columnas se pueden cargar con diferentes metales para crear una columna con una afinidad específica. [19]

Cromatografía de fluidos supercríticos Editar

La cromatografía de fluidos supercríticos es una técnica de separación en la que la fase móvil es un fluido por encima y relativamente cerca de su temperatura y presión críticas.

Cromatografía de intercambio iónico Editar

La cromatografía de intercambio iónico (generalmente denominada cromatografía iónica) utiliza un mecanismo de intercambio iónico para separar los analitos en función de sus respectivas cargas. Suele realizarse en columnas, pero también puede resultar útil en modo plano. La cromatografía de intercambio iónico utiliza una fase estacionaria cargada para separar los compuestos cargados, incluidos aniones, cationes, aminoácidos, péptidos y proteínas. En los métodos convencionales, la fase estacionaria es una resina de intercambio iónico que lleva grupos funcionales cargados que interactúan con grupos cargados opuestamente del compuesto a retener. Hay dos tipos de cromatografía de intercambio iónico: intercambio catiónico e intercambio aniónico. En la cromatografía de intercambio catiónico la fase estacionaria tiene carga negativa y el ion intercambiable es un catión, mientras que en la cromatografía de intercambio aniónico la fase estacionaria tiene carga positiva y el ion intercambiable es un anión. [20] La cromatografía de intercambio iónico se usa comúnmente para purificar proteínas usando FPLC.

Cromatografía de exclusión por tamaño Editar

La cromatografía de exclusión por tamaño (SEC) también se conoce como cromatografía de exclusión molecular (GPC) o cromatografía de filtración en gel y separa las moléculas según su tamaño (o más exactamente según su diámetro hidrodinámico o volumen hidrodinámico). Las moléculas más pequeñas pueden ingresar a los poros del medio y, por lo tanto, las moléculas quedan atrapadas y eliminadas del flujo de la fase móvil. El tiempo medio de residencia en los poros depende del tamaño efectivo de las moléculas de analito. Sin embargo, las moléculas que son más grandes que el tamaño medio de los poros del relleno se excluyen y, por lo tanto, no sufren esencialmente retención, tales especies son las primeras en ser eluidas. Por lo general, es una técnica de cromatografía de baja resolución y, por lo tanto, a menudo se reserva para el paso final de "pulido" de una purificación. También es útil para determinar la estructura terciaria y la estructura cuaternaria de proteínas purificadas, especialmente porque se puede llevar a cabo en condiciones de solución nativa.

Separación cromatográfica de adsorción en lecho expandido Editar

Una columna de adsorción cromatográfica de lecho expandido (EBA) para un proceso de separación bioquímica comprende un distribuidor de líquido de compensación de presión que tiene una función de autolimpieza debajo de una placa de tamiz de bloqueo poroso en la parte inferior del lecho expandido, un conjunto de boquilla de la parte superior que tiene una función de limpieza por retrolavado en la parte superior del lecho expandido, una mejor distribución del licor de la materia prima añadida al lecho expandido asegura que el fluido que pasa a través de la capa del lecho expandido muestre un estado de flujo de pistón. La capa de lecho expandido muestra un estado de flujo de pistón. La columna de separación cromatográfica de lecho expandido tiene la ventaja de incrementar la eficiencia de separación del lecho expandido.

La cromatografía de adsorción en lecho expandido (EBA) es una técnica conveniente y eficaz para la captura de proteínas directamente de una muestra cruda no clarificada. En la cromatografía EBA, el lecho sedimentado se expande primero mediante un flujo ascendente de tampón de equilibrio. El alimento crudo, una mezcla de proteínas solubles, contaminantes, células y restos celulares, se pasa luego hacia arriba a través del lecho expandido. Las proteínas diana se capturan en el adsorbente, mientras que las partículas y los contaminantes pasan. Un cambio en el tampón de elución mientras se mantiene el flujo ascendente da como resultado la desorción de la proteína objetivo en el modo de lecho expandido. Alternativamente, si se invierte el flujo, las partículas adsorbidas se asentarán rápidamente y las proteínas pueden ser desorbidas por un tampón de elución. El modo utilizado para la elución (lecho expandido frente a lecho sedimentado) depende de las características de la alimentación. Después de la elución, el adsorbente se limpia con una solución de limpieza en el lugar (CIP) predefinida, con limpieza seguida de regeneración de la columna (para uso posterior) o almacenamiento.

Cromatografía de fase inversa Editar

La cromatografía de fase inversa (RPC) es cualquier procedimiento de cromatografía líquida en el que la fase móvil es significativamente más polar que la fase estacionaria. Se llama así porque en la cromatografía líquida de fase normal, la fase móvil es significativamente menos polar que la fase estacionaria. Las moléculas hidrófobas en la fase móvil tienden a adsorberse en la fase estacionaria relativamente hidrófoba. Las moléculas hidrófilas en la fase móvil tenderán a eluir primero. Las columnas de separación comprenden típicamente una cadena de carbono C8 o C18 unida a un sustrato de partículas de sílice.

Cromatografía de interacción hidrofóbica Editar

Las interacciones hidrofóbicas entre proteínas y la matriz cromatográfica se pueden aprovechar para purificar proteínas. En la cromatografía de interacción hidrófoba, el material de la matriz está ligeramente sustituido con grupos hidrófobos. Estos grupos pueden variar entre grupos metilo, etilo, propilo, octilo o fenilo. [21] A altas concentraciones de sal, las cadenas laterales no polares en la superficie de las proteínas "interactúan" con los grupos hidrófobos, es decir, ambos tipos de grupos son excluidos por el solvente polar (los efectos hidrófobos aumentan con el aumento de la fuerza iónica). Por tanto, la muestra se aplica a la columna en un tampón que es muy polar. El eluyente es típicamente un tampón acuoso con concentraciones de sal decrecientes, concentraciones crecientes de detergente (que altera las interacciones hidrófobas) o cambios en el pH.

En general, la cromatografía de interacción hidrofóbica (HIC) es ventajosa si la muestra es sensible al cambio de pH o a los disolventes agresivos que se utilizan normalmente en otros tipos de cromatografía, pero no a altas concentraciones de sal. Comúnmente, es la cantidad de sal en el tampón la que varía. En 2012, Müller y Franzreb describieron los efectos de la temperatura en el HIC utilizando albúmina de suero bovino (BSA) con cuatro tipos diferentes de resina hidrófoba. El estudio alteró la temperatura para afectar la afinidad de unión de BSA a la matriz. Se concluyó que la temperatura cíclica de 50 a 10 grados no sería adecuada para lavar eficazmente todo el BSA de la matriz, pero podría ser muy eficaz si la columna solo se usara unas pocas veces. [22] El uso de la temperatura para efectuar cambios permite a los laboratorios reducir los costos de compra de sal y ahorrar dinero.

Si desea evitar altas concentraciones de sal junto con fluctuaciones de temperatura, puede usar un más hidrofóbico para competir con su muestra para eluirla. [fuente] Este método de HIC denominado independiente de la sal mostró un aislamiento directo de la inmunoglobulina humana G (IgG) del suero con un rendimiento satisfactorio y utilizó Beta-ciclodextrina como competidor para desplazar la IgG de la matriz. [23] Esto abre en gran medida la posibilidad de utilizar HIC con muestras que son sensibles a la sal, ya que sabemos que las altas concentraciones de sal precipitan las proteínas.

Cromatografía hidrodinámica Editar

La cromatografía hidrodinámica (HDC) se deriva del fenómeno observado de que las gotas grandes se mueven más rápido que las pequeñas. [24] En una columna, esto sucede porque se evita que el centro de masa de las gotas más grandes esté tan cerca de los lados de la columna como las gotas más pequeñas debido a su mayor tamaño total. [25] Las gotas más grandes eluirán primero desde el centro de la columna, mientras que las gotas más pequeñas se pegarán a los lados de la columna y eluirán al final. Esta forma de cromatografía es útil para separar analitos por masa molar, tamaño, forma y estructura cuando se usa junto con detectores de dispersión de luz, viscosímetros y refractómetros. [26] Los dos tipos principales de HDC son el tubo abierto y la columna empaquetada. El tubo abierto ofrece tiempos de separación rápidos para partículas pequeñas, mientras que el HDC de columna empaquetada puede aumentar la resolución y es más adecuado para partículas con una masa molecular promedio superior a 10 5 < displaystyle 10 ^ <5>> daltons. [27] La ​​HDC se diferencia de otros tipos de cromatografía porque la separación solo tiene lugar en el volumen intersticial, que es el volumen que rodea y entre las partículas de una columna empaquetada. [28]

La HDC comparte el mismo orden de elución que la cromatografía de exclusión por tamaño (SEC), pero los dos procesos aún varían de muchas maneras. [27] En un estudio que compara los dos tipos de separación, Isenberg, Brewer, Côté y Striegel utilizan ambos métodos para la caracterización de polisacáridos y concluyen que el HDC junto con la dispersión de luz de múltiples ángulos (MALS) logra una distribución de masa molar más precisa en comparación con fuera. línea MALS que SEC en mucho menos tiempo. [29] Esto se debe en gran parte a que SEC es una técnica más destructiva debido a que los poros de la columna degradan el analito durante la separación, lo que tiende a afectar la distribución de masa. [29] Sin embargo, la principal desventaja de la HDC es la baja resolución de los picos de analitos, lo que hace que la SEC sea una opción más viable cuando se utiliza con productos químicos que no son fácilmente degradables y donde la elución rápida no es importante. [30]

HDC juega un papel especialmente importante en el campo de la microfluídica. El primer aparato exitoso para el sistema HDC-on-a-chip fue propuesto por Chmela, et al. en 2002. [31] Su diseño pudo lograr separaciones utilizando un canal de 80 mm de largo en una escala de tiempo de 3 minutos para partículas con diámetros que van de 26 a 110 nm, pero los autores expresaron la necesidad de mejorar los parámetros de retención y dispersión. [31] En una publicación de 2010 de Jellema, Markesteijn, Westerweel y Verpoorte, la implementación de HDC con un flujo bidireccional recirculante resultó en una separación basada en el tamaño de alta resolución con solo un canal de 3 mm de largo. [32] Tener un canal tan corto y una resolución tan alta se consideró especialmente impresionante teniendo en cuenta que los estudios anteriores utilizaron canales de 80 mm de longitud. [31] Para una aplicación biológica, en 2007, Huh, et al. propuso un dispositivo de clasificación de microfluidos basado en HDC y gravedad, que fue útil para evitar que partículas potencialmente peligrosas con un diámetro superior a 6 micrones ingresen al torrente sanguíneo al inyectar agentes de contraste en ultrasonidos. [33] Este estudio también hizo avances para la sustentabilidad ambiental en microfluidos debido a la falta de componentes electrónicos externos que impulsen el flujo, lo que fue una ventaja de usar un dispositivo basado en la gravedad.

Cromatografía bidimensional Editar

En algunos casos, la selectividad proporcionada por el uso de una columna puede ser insuficiente para proporcionar resolución de analitos en muestras complejas. La cromatografía bidimensional tiene como objetivo aumentar la resolución de estos picos mediante el uso de una segunda columna con diferentes propiedades físico-químicas (clasificación química). [34] [35] Dado que el mecanismo de retención en este nuevo soporte sólido es diferente al de la primera separación dimensional, puede ser posible separar compuestos mediante cromatografía bidimensional que son indistinguibles mediante cromatografía unidimensional. Además, la separación en la segunda dimensión se produce más rápidamente que en la primera dimensión. [34] Un ejemplo de una separación por TLC bidimensional es cuando la muestra se coloca en una esquina de una placa cuadrada, se revela, se seca al aire, luego se gira 90 ° y generalmente se vuelve a revelar en un segundo sistema de solvente. La cromatografía bidimensional se puede aplicar a separaciones por GC o LC. [34] [35] Este método de separación también se puede utilizar en un enfoque desgarrador, [36] donde se seleccionan regiones específicas de interés en la primera dimensión para la separación por la segunda dimensión, o en un enfoque integral, [34] [35] donde todos los analitos de la primera dimensión se someten a la separación de la segunda dimensión.

Cromatografía de lecho móvil simulado Editar

La técnica de lecho móvil simulado (SMB) es una variante de la cromatografía líquida de alta resolución que se utiliza para separar partículas y / o compuestos químicos que serían difíciles o imposibles de resolver de otra manera. Esta mayor separación se produce mediante una disposición de válvula y columna que se utiliza para alargar la fase estacionaria indefinidamente. En la técnica de lecho móvil de la cromatografía preparativa, la entrada de alimentación y la recuperación del analito son simultáneas y continuas, pero debido a dificultades prácticas con un lecho en movimiento continuo, se propuso la técnica de lecho móvil simulado. En la técnica de lecho móvil simulado, en lugar de mover el lecho, las posiciones de entrada de la muestra y salida del analito se mueven continuamente, dando la impresión de un lecho en movimiento. La verdadera cromatografía de lecho móvil (TMBC) es solo un concepto teórico. Su simulación, SMBC se logra mediante el uso de una multiplicidad de columnas en serie y una disposición compleja de válvulas, que proporciona alimentación de muestra y solvente, y también extracción de analitos y desechos en ubicaciones apropiadas de cualquier columna, por lo que permite cambiar a intervalos regulares. the sample entry in one direction, the solvent entry in the opposite direction, whilst changing the analyte and waste takeoff positions appropriately as well.

Pyrolysis gas chromatography Edit

Pyrolysis–gas chromatography–mass spectrometry is a method of chemical analysis in which the sample is heated to decomposition to produce smaller molecules that are separated by gas chromatography and detected using mass spectrometry.

Pyrolysis is the thermal decomposition of materials in an inert atmosphere or a vacuum. The sample is put into direct contact with a platinum wire, or placed in a quartz sample tube, and rapidly heated to 600–1000 °C. Depending on the application even higher temperatures are used. Three different heating techniques are used in actual pyrolyzers: Isothermal furnace, inductive heating (Curie Point filament), and resistive heating using platinum filaments. Large molecules cleave at their weakest points and produce smaller, more volatile fragments. These fragments can be separated by gas chromatography. Pyrolysis GC chromatograms are typically complex because a wide range of different decomposition products is formed. The data can either be used as fingerprint to prove material identity or the GC/MS data is used to identify individual fragments to obtain structural information. To increase the volatility of polar fragments, various methylating reagents can be added to a sample before pyrolysis.

Besides the usage of dedicated pyrolyzers, pyrolysis GC of solid and liquid samples can be performed directly inside Programmable Temperature Vaporizer (PTV) injectors that provide quick heating (up to 30 °C/s) and high maximum temperatures of 600–650 °C. This is sufficient for some pyrolysis applications. The main advantage is that no dedicated instrument has to be purchased and pyrolysis can be performed as part of routine GC analysis. In this case quartz GC inlet liners have to be used. Quantitative data can be acquired, and good results of derivatization inside the PTV injector are published as well.

Fast protein liquid chromatography Edit

Fast protein liquid chromatography (FPLC), is a form of liquid chromatography that is often used to analyze or purify mixtures of proteins. As in other forms of chromatography, separation is possible because the different components of a mixture have different affinities for two materials, a moving fluid (the "mobile phase") and a porous solid (the stationary phase). In FPLC the mobile phase is an aqueous solution, or "buffer". The buffer flow rate is controlled by a positive-displacement pump and is normally kept constant, while the composition of the buffer can be varied by drawing fluids in different proportions from two or more external reservoirs. The stationary phase is a resin composed of beads, usually of cross-linked agarose, packed into a cylindrical glass or plastic column. FPLC resins are available in a wide range of bead sizes and surface ligands depending on the application.

Countercurrent chromatography Edit

Countercurrent chromatography (CCC) is a type of liquid-liquid chromatography, where both the stationary and mobile phases are liquids and the liquid stationary phase is held stagnant by a strong centrifugal force.

Hydrodynamic countercurrent chromatography (CCC) Edit

The operating principle of CCC instrument requires a column consisting of an open tube coiled around a bobbin. The bobbin is rotated in a double-axis gyratory motion (a cardioid), which causes a variable gravity (G) field to act on the column during each rotation. This motion causes the column to see one partitioning step per revolution and components of the sample separate in the column due to their partitioning coefficient between the two immiscible liquid phases used. There are many types of CCC available today. These include HSCCC (High Speed CCC) and HPCCC (High Performance CCC). HPCCC is the latest and best-performing version of the instrumentation available currently.

Hydrostatic countercurrent chromatography or centrifugal partition chromatography (CPC) Edit

In the CPC instrument, the column consists of a series of cells interconnected by ducts attached to a rotor. This rotor rotates on its central axis creating the centrifugal field necessary to hold the stationary phase in place. The separation process in CPC is governed solely by the partitioning of solutes between the stationary and mobile phases, which mechanism can be easily described using the partition coefficients (KD) of solutes. CPC instruments are commercially available for laboratory, pilot, and industrial-scale separations with different sizes of columns ranging from some 10 milliliters to 10 liters volume.

Periodic counter-current chromatography Edit

In contrast to Counter current chromatography (see above), periodic counter-current chromatography (PCC) uses a solid stationary phase and only a liquid mobile phase. It thus is much more similar to conventional affinity chromatography than to counter current chromatography. PCC uses multiple columns, which during the loading phase are connected in line. This mode allows for overloading the first column in this series without losing product, which already breaks through the column before the resin is fully saturated. The breakthrough product is captured on the subsequent column(s). In a next step the columns are disconnected from one another. The first column is washed and eluted, while the other column(s) are still being loaded. Once the (initially) first column is re-equilibrated, it is re-introduced to the loading stream, but as last column. The process then continues in a cyclic fashion.

Chiral chromatography Edit

Chiral chromatography involves the separation of stereoisomers. In the case of enantiomers, these have no chemical or physical differences apart from being three-dimensional mirror images. Conventional chromatography or other separation processes are incapable of separating them. To enable chiral separations to take place, either the mobile phase or the stationary phase must themselves be made chiral, giving differing affinities between the analytes. Chiral chromatography HPLC columns (with a chiral stationary phase) in both normal and reversed phase are commercially available.


How to Read a Chapter of Biology

Bess Ruff, MA es coautor (a) de este artículo. Bess Ruff es estudiante de doctorado en Geografía en la Universidad Estatal de Florida. Recibió su Maestría en Ciencias Ambientales y Gestión de la Universidad de California, Santa Bárbara en 2016. Ha realizado trabajos de encuesta para proyectos de planificación espacial marina en el Caribe y ha brindado apoyo a la investigación como becaria de posgrado para el Grupo de Pesca Sostenible.

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Biology is the study of life and the processes that govern it. While this can get quite complex, gaining a working knowledge of basic concepts will help you to understand the more complicated ideas. The first steps to gaining this understanding are reading the chapter, making notes, and finding ways to apply biology to your life.


Plantas

La botánica es el estudio de las plantas. Por lo general, se requiere que los estudiantes de la clase de biología general aprendan la forma y función básicas de las plantas. Las páginas para colorear son un gran recurso para enseñar anatomía vegetal.

Flower Coloring & # 8211 colorea las partes de un estambre de flor, pistilo, ovario, pétalos
Coloración de hojas y estructuras de color # 8211 xilema, floema, envoltura, epidermis, etc.
Comparación de monocotiledóneas y dicotiledóneas & # 8211 colorear con términos y preguntas
Photosystem Coloring & # 8211 muestra PSI y PSII, y el ETC, colorea las estructuras

Búsqueda de palabras de botánica y términos de plantas # 8211
Identificación de árboles y terminología de hojas # 8211 (alternativa vs simple), y una clave para identificar árboles del medio oeste
Tree Rings & # 8211 sitio web sobre dendrología, con preguntas

¿De dónde obtienen las plantas su alimento? & # 8211 cultivan plantas, pesan el suelo y refutan que las plantas consumen suelo
El laboratorio de hormonas vegetales y # 8211 investiga los efectos del ácido giberélico en el crecimiento

La simulación de fotosíntesis y # 8211 miden las tasas de producción de ATP mientras cambian la intensidad de la luz y los niveles de CO2
Waterweed Simulator & # 8211 controla las cantidades de luz y CO2 y observa las tasas de fotosíntesis

Tasa de fotosíntesis & # 8211 usando bicarbonato de sodio, elodea y luz, mida las burbujas para observar qué tan rápido una planta realiza la fotosíntesis y libera oxígeno
Investigación: Fotosíntesis & # 8211 este laboratorio usa discos de hojas que flotan para indicar la fotosíntesis. Los estudiantes investigan los factores que afectan la fotosíntesis. (Laboratorio AP)

Separación de pigmentos vegetales: identifica los pigmentos vegetales mediante la separación y el aislamiento de los pigmentos mediante cromatografía en papel de capa fina.

Etiquetado de fotosistemas & imagen # 8211 que muestra el fotosistema I y II y la cadena de transporte de electrones, los estudiantes etiquetan las partes del sistema

Fluorescencia de clorofila & # 8211 corte una hoja de espinaca y agregue etanol para ver cómo la clorofila se vuelve roja bajo una luz negra

Investigación de los estomas de las hojas y # 8211 comparar los estomas de las plantas mantenidas en la luz y en la oscuridad

¿Las plantas consumen o liberan CO2? # 8211 usando rojo fenol como indicador, los colores en el tubo de ensayo cambiarán a medida que la planta libera oxígeno y consume dióxido de carbono.

Help Wanted & # 8211 descripciones de trabajos de planta (clasificados), los estudiantes adivinan la estructura más adecuada
Transpiration Lab & # 8211 miden las tasas de pérdida de agua en plantas mantenidas en diferentes condiciones
Los inhibidores de germinación & # 8211 miden las tasas de germinación en tomates
Experimentos de germinación de semillas & # 8211 los estudiantes investigan qué factores afectan la germinación


Chromatography - polar and non polar

If the stationary phase was polar and the moving phase was non- polar e.g. Hexane. Then non- polar compounds would pass through the column more quickly than polar compounds as they would have a greater solubility in the non-polar moving phase


and what it has to do with intermolecular forces?

¿No es lo que estás buscando? Try & hellip

(Publicación original de tmifan)
I don't really understand this.

If the stationary phase was polar and the moving phase was non- polar e.g. Hexane. Then non- polar compounds would pass through the column more quickly than polar compounds as they would have a greater solubility in the non-polar moving phase


and what it has to do with intermolecular forces?

Things dissolve because of intermolecular (interparticular) forces.

1. There are forces of attraction between solvent particles
2. There are forces of attraction between solute particles
3. There are forces of attraction between solvent and solute particles.

If force 3 is strong enough to overcome forces 1 & 2 then the solute dissolves. This is not an all or nothing situation and there is a range of solubilities from insoluble to very soluble.

Fundamentally the process must be energetically favourable overall (this also includes entropy, but let's keep it simple)

Polar substances can make better bonds with polar solutes and so can dissolve them.

Non-polar substances can make better bonds with non-polar solutes and so can dissolve them better.

All of these principles come into play with chromatography.

A non-polar solvent will be able to carry a non-polar solute through a polar stationary phase rapidly, but a non-polar solvent will not be able to carry a polar substance through a polar stationary phase very well at all.

Clearly, there will be a range of degrees of polarity for the mobile phase, stationary phase and solute, which can be employed to separate soluble components.


Resolución

In general, resolution is the ability to separate two signals. In terms of chromatography, this is the ability to separate two peaks. Resolution, R, is given by dónde tr1 y tr2 y w1 y w2 are the times and widths, respectively, of the two immediately adjacent peaks. If the peaks are sufficiently close, which is the pertinent problem, w is nearly the same for both peaks and resolution may be expressed as

If the distance between the peaks is 4σ, then R is 1 and 2.5 percent of the area of the first peak overlaps 2.5 percent of the area of the second peak. A resolution of unity is minimal for quantitative analysis using peak areas.


FinchTV

FinchTV chromatogram viewer is a popular desktop application that was developed by Geospiza, Inc. for viewing trace data from Sanger DNA Sequencing (scf or ab1 file formats). We are making FinchTV freely available here as a service to the community. FinchTV does not collect location or usage data.

Download FinchTV 1.5 for MacOS X *If you have problems installing FinchTV on a Mac, we have some helpful hints below.

Helpful hints for installing FinchTV on MacOSX

1. Download FinchTV for MacOS X.
2. Go to your Downloads Folder.
3. Hold the control key down and right click the file name (FinchTV)
4. Choose Open (it’s the middle button).

Newer MacOSX operating systems (Catalina, etc) prevent you from installing apps that haven't come from the Apple store. Since FinchTV is an older program, you need to temporarily override the security system in order to open it.


Introduction to protein mass spectrometry

Proteomics is the study of all proteins in a biological system (e.g., cells, tissue, organism) during specific biological events. Genomics and proteomics are considerably more difficult to study together than genomics or even transcriptomics alone, because of the dynamic nature of protein expression. Additionally, the majority of proteins undergo some form of posttranslational modification (PTM), further increasing proteomic complexity. During the last 15 years, the broad scope of proteomics is only beginning to be realized due in large part to technological developments in mass spectrometry.

Mass spectrometry is a sensitive technique used to detect, identify and quantitate molecules based on their mass-to-charge (m / z) ratio. Originally developed almost 100 years ago to measure elemental atomic weights and the natural abundance of specific isotopes, MS was first used in the biological sciences to trace heavy isotopes through biological systems. In later years, MS was used to sequence oligonucleotides and peptides and analyze nucleotide structure.

The development of macromolecule ionization methods, including electrospray ionization (ESI) and atmospheric pressure chemical ionization (APCI), enabled the study of protein structure by MS. Ionization also allowed scientists to obtain protein mass "fingerprints" that could be matched to proteins and peptides in databases and help identity unknown targets. New isotopic tagging methods led to the quantitation of target proteins both in relative and absolute quantities. All these technological advancements have resulted in methods that successfully analyze samples in solid, liquid or gas states. The sensitivity of current mass spectrometers allows one to detect analytes at concentrations in the attomolar range (10 -18 ).


It expands a reader's attention span.

Another side effect of this incredible brain workout, reading not only improves memory, but in increases attention spans, too. Because of the sequential narrative style of most books — a beginning, middle, and end — reading encourages the brain to think similarly in sequence, and thus spend more time on building a story rather than rushing through each detail.

According to neuroscientist Susan Greenfield and her book Mind Change, the internet has improved users' capacity for short-term memory and ability to multi-task, but it can actually split our attention, unlike reading. When we read a novel, we read linearly, rather than sporadically jumping from tab to tab, and slowly think about the information in front of us. This exercise of taking time to process the narrative, to think about the complex layers of the story and how they fit together, actually increases the capacity for longer attention spans, especially in children.


Ver el vídeo: Οι Δυνατοι στην Πιστη μπορουν να Προσκυνουν Χωρις την. - Μητροπολιτης Τιμοθεος, Ευαγγελατος (Junio 2022).


Comentarios:

  1. Cristofer

    Super, tomé gracias !!!

  2. Ourson

    aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa ...

  3. Aristaeus

    Está usted equivocado. Escríbeme por MP, te habla.



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